Eines Tages kam der Direktor von iPod Software (der Chef seines Chefs) herein und schickte ihn stillschweigend zu einem geheimen Projekt, bei dem er zwei Ingenieure des DOE unterstützte, die einen „besonderen“ iPod bauen wollten. Der Direktor sagte ihm, sein Chef wisse nichts davon, und er sei angewiesen worden, keine Fragen zu stellen und ihm nur direkt Bericht zu erstatten. Dieses Unterfangen war so geheim, dass nur Shayer, der Chef seines Chefs, der Vizepräsident (VP) der iPod Division und der Senior VP von Hardware wussten, was vor sich ging (über CNN).
Seltsamerweise arbeitet keiner dieser Leute jetzt bei Apple. Darüber hinaus wurde laut Shayer keine Papierspur hinterlassen, da die gesamte Kommunikation darüber persönlich geführt wurde. Shayer sagte, das ganze Projekt sei definitiv kein Standard-Geschäftsarrangement und dachte sogar, dass Apple an einer Art schattigem „unter dem Tisch Gefallen“ für das DOE (via TidBITS) beteiligt war.
Es stellt sich heraus, dass die beiden Ingenieure – Matthew und Paul (Shayer hat die Nachnamen auf ihren Visitenkarten aus Datenschutzgründen unkenntlich gemacht) – für Bechtel Nevada gearbeitet haben, eine Abteilung der Bechtel Corporation, einem großen US-amerikanischen Verteidigungsunternehmen des DOE. Shayers Aufgabe bestand darin, den beiden Ingenieuren/Mitarbeitern dabei zu helfen, den zugrunde liegenden Quellcode für das Betriebssystem des iPods zu lernen und zu verstehen. Apple gewährte ihnen jedoch nie Zugriff auf interne Server, Hardware oder Software-Tools. Er stellte nur eine Kopie des aktuellen Quellcodes des iPods auf einer DVD zur Verfügung, um damit zu arbeiten, während er sich auf dem Gelände befand, aber er verließ das Gebäude nie (über TidBITS).